Присоединившись в 1966 году к Королевской шекспировской труппе, Стюарт играл в ее спектаклях до 1982 года, после чего перешел в Королевский национальный театр. Всего за свою театральную карьеру Патрик Стюарт сыграл множество ролей. В основном это были персонажи шекспировских пьес: Гамлет, Ромео, Ричард III и другие. В 2011 году Стюарт вместе со своим близким другом и коллегой Иэном Маккелленом сыграли главные роли Владимира и Эстрагона в постановке «В ожидании Годо» Беккета на сцене театра Хеймаркет. Несколько лет спустя состоялась премьера постановки на Бродвее.
